Soutenance de thèse de Julien HIRSCHINGER

Evaluation des risques sanitaires associés à l’exposition des élevages avicoles à l’avifaune sauvage péridomestique. Exemple des élevages conservatoires d’outardes houbara aux Emirats Arabes Unis.


Titre anglais : Assessment of sanitary risks associated with poultry breedings exposed to peridomestic wildbirds. Example of convervation breedings of Houbara bustards in the United Arab Emirates.
Ecole Doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries
Spécialité : Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition
Etablissement : Institut National Polytechnique de Toulouse
Unité de recherche : UMR 1225 - IHAP - Laboratoire Interactions Hôtes-Agents Pathogènes


Cette soutenance a eu lieu lundi 29 juin 2020 à 14h00
Adresse de la soutenance : ECOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE DE TOULOUSE, 23 Chemin des Capelles – BP 87614 – 31 076 – Toulouse Cedex 3 – France - salle Salle du conseil

devant le jury composé de :
Jean-luc GUERIN   Professeur   ENVT   Directeur de thèse
Guillaume LE LOC'H   Maître de Conférences   ENVT   CoDirecteur de thèse
Mathieu GUILLEMAIN   Ingénieur de Recherche   ONCFS   Rapporteur
Emmanuelle GILOT   Professeur   VetAgro Sup   Rapporteur
Marion VITTECOQ   Chargé de recherche   Tour du Valat   Examinateur
Christophe PASQUIER   Professeur   Faculté des Sciences Pharmaceutiques - Université Paul Sabatier - Toulouse 3   Examinateur


Résumé de la thèse en français :  

Au sein des élevages avicoles, les oiseaux sauvages sont souvent suspectés de transmettre des agents pathogènes, en particulier les espèces péridomestiques qui peuvent jouer un rôle particulier en tant qu’hôtes relais. Dans cette étude, nous avons exploré le rôle de plusieurs de ces espèces dans l’épidémiologie des virus de l’influenza aviaire et de la maladie de Newcastle sur deux sites d’élevage conservatoire d’outardes Houbara aux Emirats Arabes Unis. Nous avons mis en place une approche multiaxiale et multi-méthodologique afin de caractériser le risque d’introduction et de transmission de ces virus et de formuler une stratégie de gestion sanitaire de ce risque.
Dans un premier temps, nous avons décrit les communautés d’oiseaux sauvages présentes sur les sites d’élevages et dans l’environnement proche, afin d’en apprécier richesse et densité mais aussi d’en identifier les espèces dominantes. Nous avons aussi décrit les mouvements de ces espèces dominantes entre les sites d’élevage et les sites avoisinants, afin de caractériser les échanges entre ces différentes entités. Nous avons enfin décrit les mouvements des espèces dominantes à l’intérieur des sites d’élevage dans les zones de volières extérieurs et leurs contacts avec les outardes captives. Parallèlement, nous avons évalué la prévalence des virus étudiés au sein des espèces dominantes et analysé leur dynamique au sein des sites d’élevage. Ensuite, en croisant toutes les données obtenues, nous avons analysé le risque épidémiologique représenté par les espèces dominantes pour les outardes captives en termes d’introduction et de transmission de ces virus. Enfin, en s’appuyant sur les résultats obtenus dans chacun de ces axes, nous avons formulé une stratégie de gestion sanitaire du risque de transmission d’agents pathogènes aux outardes captives par l’avifaune sauvage, répondant ainsi à l’objectif de notre étude.

 
Résumé de la thèse en anglais:  

Within poultry breeding sites, wild birds are often suspected to transmit pathogens, especially peridomestic species which can act as bridge hosts. In this study, we explored the role of a number of these species in the epidemiology of avian influenza and Newcastle disease viruses in two conservation breeding sites of Houbara bustards in the United Arab Emirates. We set up a multiaxial and multi-methodological approach in order to assess the risks of introduction and transmission of these viruses and to formulate a sanitary control strategy of the risks.
First, we described the wild birds’ communities within breeding sites and in their surroundings in order to appreciate their richness and density and to identify dominant species. We also described the movements of these dominant species between breeding sites and surrounding ones in order to characterize the exchanges between the two compartments. Finally, we described the movements of dominant species within breeding sites in outdoor aviaries areas and their contacts with captive Houbara bustards. In parallel, we evaluated the prevalence of the studied viruses in dominant species and analysed their dynamics within breeding sites. Then, crossing all these data, we evaluated the epidemiological risks of dominant species to introduce and transmit these viruses to captive Houbara bustards. Finally, taking all our results together, we formulated a sanitary control strategy of the risk of pathogens transmission from wild birds to captive Houbara bustards, reaching our study’s goal.

Mots clés en français :Avifaune péridomestique,Risque sanitaire,Elevage avicole,Influenza aviaire,Maladie de Newcastle,Outarde houbara
Mots clés en anglais :   Peridomestic widl birds,Sanitary risk,Poultry breeding,Avian influenza,Newcastle disease,Houbara bustard