Soutenance de thèse de SAKHIA FATIMA ZOHRA BELKASMI

CORONAVIRUS AVIAIRES ÉMERGENTS ET RÉÉMERGENTS AU MAROC


Titre anglais : AVIAN CORONAVIRUS EMERGING END RE-EMERGING IN MOROCCO
Ecole Doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries
Spécialité : Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition
Etablissement : Institut National Polytechnique de Toulouse
Unité de recherche : UMR 1225 - IHAP - Laboratoire Interactions Hôtes-Agents Pathogènes


Cette soutenance a eu lieu samedi 09 novembre 2019 à 10h30
Adresse de la soutenance : Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II , BP 6202. 10000, Rabat Maroc. - salle salle de conférence

devant le jury composé de :
Mariette DUCATEZ   DR   INRA UMR 1225 IHAP-ENVT   Directeur de thèse
Nadia TOUIL   Professeur   Département de virologie de l'Ecole Royale du Service de Santé Militaire Rabat   Rapporteur
Abdelkarim  FILALI-MALTOUF   Professeur   Faculté des Sciences - Université Mohammed V   Rapporteur
Ouafaa FASSI FIHRI   Professeur   IAV Hassan II, Microbiology, Immunology and Infectious Diseases Unit Department of Veterinary Pathology and Public Health   Directeur de thèse
Mohammed EL HOUADFI   Professeur   IAV Hassan II, Unité de Pathologie Aviaire, Département de Pathologie et Santé Publique Vétérinaire (UPA)   CoDirecteur de thèse


Résumé de la thèse en français :  

La bronchite infectieuse aviaire (BI) est une maladie aiguë et hautement contagieuse causée par le virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV). L’IBV affecte les poulets de tous âges, causant des maladies des voies respiratoires supérieures, des syndromes néphrétiques et une diminution de la production et de la qualité d'œufs. Ce virus existe dans un large éventail de génotypes viraux distincts sur le plan antigénique et génétique, la prévention et le contrôle de cet important pathogène, sont à la fois complexes et couteux.
La prévention contre cette maladie se base principalement sur la vaccination. Cependant, peu de données sont disponibles sur l’efficacité des vaccins commercialisés au Maroc contre les souches circulante sur le terrain. Dans ce contexte, la première étape de cette étude était d’étudier le pouvoir pathogène de la souche récemment isolée au Maroc « Italy02 variant Marocain » sur poulets exempts d’organisme pathogène spécifique (EOPS) en conditions de laboratoire et d’évaluer l’efficacité des vaccins commerciaux H120 (Mass) et 4/91 (793B) à protéger contre le virus de la bronchite infectieuse Italy02 variant Marocain (Mor-It02) chez les poulets exempts d’organismes pathogènes spécifiques (EOPS) et chez les poulets de chair commerciaux. Ces expériences ont montré que le Mor-It02 est pathogène pour les poulets et une combinaison de vaccins hétérologues vivants H120 et 4/91 administrés respectivement au jour 1 et au jour 15 confère une bonne protection contre le Mor-It02.
En tenant compte des données épidémiologiques sur le terrain Marocain, l’objectif de la deuxième partie de cette thèse était donc d’étudier l’impact de co-infections entre le virus de la bronchite infectieuse Italy02 variant Marocain et celui de l’influenza aviaire faiblement pathogène H9N2 Marocain en conditions expérimentales (sur poussins exempts d’organismes pathogènes spécifiques) pour comprendre leurs pouvoirs pathogènes (en mono ou co-infections) et évaluer l’efficacité de 4 programmes de vaccination contre la co-infection par l’IBV (γCoV/chicken/Morocco/I38 /2014) et l’AIV (A/chicken/Morocco/SF1/2016) chez des poulets commerciaux. Des combinaisons de vaccins BI H120/4-91 et H9N2 ont été testées. L’effet de l’âge des poussins sur les vaccinations (à 1 jour et à 14 jours pour la BI ; à 1 ou 7 jours d’âge pour l’AI) ont été également comparées. Ces études ont montré que la double vaccination hétérologue avec H120 suivi de 4/91 ainsi que la vaccination H9N2 à 7 jours d’âge (pas à 1 jour) permettent de protéger efficacement les poulets contre la co-infection IBV génotype Italy-02 et VIA H9N2.
Un monde extrêmement volumineux de population de poulets élevés à une haute densité, avec un virus de propagation rapide, une large utilisation de vaccins vivants atténués, ainsi qu’une circulation de plusieurs types de virus en un seul élevage, présente un environnement favorable à la recombinaison du virus de la Bronchite Infectieuse (IBV). D’où la nécessité d’instaurer un programme de surveillance des virus en circulation sur le terrain, qui a fait l’objectif de la troisième partie de cette étude qui s’est étalée sur les trois ans de thèses. Les résultats de l'analyse phylogénétique des séquences complètes du gène S1 ont révélé la présence d’un génotype d'IBV qui a une distance génétique minimale aux souches les plus proches, 793B et Italy02 de 13% au niveau des nucléotides. Cette souche a été isolée dans une des périodes de temps séparées et dans différentes régions du Maroc. Le virus de la BI isolé dans cette étude peut être identifié comme un nouveau génotype (Lotfi) du virus de la bronchite infectieuse au Maroc. En outre, les résultats de l’analyse moléculaire ont pu démontrer que les isolats marocains sont classés en 4 groupes de génotypes (Itali02, Lotfi, 793B et Mass).

 
Résumé de la thèse en anglais:  

Avian infectious bronchitis (BI) is an infectious and highly contagious disease caused by the avian infectious bronchitis virus (IBV). IBV affects chickens of all ages, causing diseases of the respiratory tract, kidney syndromes and a decrease in egg production and quality. This virus exists in a wide range of antigenically and genetically distinct viral genotypes, and the prevention and control of this important pathogen is both complex and costly.
Prevention against this disease is mainly based on vaccination. However, few data are available on the efficacy of vaccines marketed in Morocco against strains circulating in the field. In this context, the first step of this study was to study the pathogenicity of the strain recently isolated in Morocco "Italy02 Moroccan variant" from specific pathogen-free chickens (SPF) under laboratory conditions and to evaluate the efficacy of commercial H120 (Mass) and 4/91 (793B) vaccines to protect against the Moroccan variant infectious bronchitis virus Italy02 (Mor-It02) in specific pathogen-free (SPF) chickens and in commercial broiler chickens. These experiments showed that Mor-It02 is pathogenic to chickens and a combination of live heterologous vaccines H120 and 4/91 administered on day 1 and day 15 respectively provides good protection against Mor-It02.
Taking into account the epidemiological data on the Moroccan field, the objective of the second part of this thesis was therefore to study the impact of co-infections between the Moroccan variant Italian02 infectious bronchitis virus and the Moroccan low pathogenic avian influenza H9N2 virus under experimental conditions (on chicks free of specific pathogenic organisms) to understand their pathogenic powers (in mono or co-infections).infections) and evaluate the efficacy of 4 vaccination programs against co-infection with IBV (γCoV/chicken/Morocco/I38 /2014) and AIV (A/chicken/Morocco/SF1/2016) in commercial chickens. BI H120/4-91 and H9N2 vaccine combinations were tested. The effect of chick age on vaccinations (1 day and 14 days for BI; 1 or 7 days for AI) was also compared. These studies showed that heterologous double vaccination with H120 followed by 4/91 and H9N2 vaccination at 7 days of age (not at 1 day) effectively protect chickens against IBV genotype Italy-02 and VIA H9N2 co-infection.
An extremely large world of high-density chicken population, with a fast-propagating virus, wide use of live attenuated vaccines, and circulation of several virus types in a single farm, provides a favourable environment for the recombination of Infectious Bronchitis Virus (IBV). This necessitates the establishment of a surveillance program for viruses in circulation in the field, which was the objective of the third part of this study, which was spread over three years of theses. The results of the phylogenetic analysis of the complete S1 gene sequences revealed the presence of an IBV genotype that has a minimum genetic distance to the closest strains, 793B and Italy02 of 13% at the nucleotide level. This strain has been isolated in one of the separate time periods and in different regions of Morocco. The BI virus isolated in this study can be identified as a new genotype (Lotfi) of the infectious bronchitis virus in Morocco. In addition, the results of the molecular analysis showed that the Moroccan isolates are classified into 4 genotype groups (Itali02, Lotfi, 793B and Mass).

Mots clés en français :CORONAVIRUS,AVIAIRE,MAROC
Mots clés en anglais :   CORONAVIRUS,AVIAN,MOROCCO