La médecine du XXIème se dirige vers une prise en charge individuelle du patient et s’inscrit dans un concept que l’on nomme médecine de précision. Dans le domaine de l’oncologie en particulier, les prélèvements tissulaires sur la tumeur, ou biopsie, sont couramment utilisés pour établir un diagnostic chez un patient donné. Les médecins s’intéressent de nos jours au concept de biopsie liquide, traduisant l’accès à des biomarqueurs circulants dans divers biofluides corporels via un simple prélèvement, sanguin par exemple, moins invasif que les prélèvements tissulaires dans le diagnostic et le suivi des pathologies. Ce travail de thèse s’est axé autour de deux approches technologiques issues du domaine de la microfabrication pour la sélection et la capture de biomarqueurs circulants, aux échelles moléculaire et cellulaire. A l’échelle moléculaire, ces travaux se sont axés sur l’automatisation d’un protocole d'assemblage capillaire dirigé. Un module a été implémenté dans un automate de tamponnage moléculaire puis validé en utilisant un modèle moléculaire simple, permettant l'isolement et l'étirement de biomolécules individuelles de manière entièrement contrôlée et automatisée à large échelle. Nous avons ensuite appliqué cette technologie à des biomarqueurs moléculaires d'intérêt tels que les ADN libres (cfDNA) contenus dans du sang complet, démontrant la capacité de la technique à isoler des acides nucléiques à partir d’un fluide complexe, ici parmi une population de cellules sanguines. A l’échelle cellulaire, une approche innovante pour la sélection et la capture de Cellules Tumorales Circulantes (CTCs) a été développée. Le microdispositif mis au point est fabriqué par écriture laser à 3 dimensions et permet le piégeage physique de ces cellules dans du sang complet non traité tout en les préservant pour une récupération et analyse ultérieure. Après adaptation du microdispositif pour maximiser son efficacité de capture in vitro, une première preuve de concept de capture sélective de cellules cancéreuses dans du sang complet non traité a été réalisée. Un premier prototype pour une utilisation in vivo a été mis au point et validé in vitro sur la capture de cellules cancéreuses dans du milieu de culture, ouvrant de larges perspectives au niveau applicatif et translationnel. |
In this XXIst century, medicine is gravitating towards the personalized care of a patient, this trend being manifested through the concept of precision medicine. In oncology particularly, the sampling of biological tissues from a tumor, or biopsy, is currently used for diagnostic purposes. Physicians are nowadays interested in the concept of “liquid biopsy”, reflecting the direct access to circulating biomarkers from various biofluids via a simple blood sampling for example, less invasive than tissue sampling, for the diagnostic and follow-up of pathologies. This research project focused on two technological approaches emerging from microfabrication for the selection and capture of circulating molecular and cellular biomarkers. At the molecular scale, this work was based on the automation of a directed capillary assembly protocol. A dedicated module was implemented into an automate for molecular stamping and validated using a simple molecular model, allowing the elongation and large-scale assembly of single biomolecules in a controlled and automatized manner. The developed technology was then used for the assembly of relevant molecular biomarkers such as cell-free DNA (cfDNA) from untreated whole blood, evidencing the capabilities of this technology to single out nucleic acids from complex fluids composed of other cellular elements. At the cellular scale, an innovative concept for Circulating Tumor Cells (CTCs) selection and capture was developed. The developed microdevice is fabricated using 3D direct laser writing and allows for a physical capture of cells from untreated whole blood while preserving them for further recovery and analysis. After having optimized the design in vitro to maximize the capture efficiency of the system, a selective capture of cancer cells from untreated whole blood was achieved. A first prototype for the in vivo use of this system was also developed and validated in vitro with cancer cells spiked into culture medium, opening up wide possibilities from an applicative and translational perspective. |