Le rôle physiologique et les voies de dégradation des ARN médiée par l’Exosome reste encore à éclaircir chez les archées, et notamment chez les archées hyperthermophiles où le complexe doit prendre en charge des ARN protégés contre les hautes températures. Dans l’objectif de mieux caractériser les processus cellulaires qui impliquent l’Exosome, et le rôle de ses protéines de coiffes, nous avons étudié la structure, l’activité et le réseau d’interaction de l’Exosome des Thermococcales. Rrp4 semble avoir un rôle de recrutement de substrats ARN, alors que Csl4 joue le rôle d’une plateforme d’interaction pour de nombreux partenaires. Le réseau d’interaction protéique de l’Exosome suggère qu’il coopère avec d’autres protéines du métabolisme des ARN, tel que l’hélicase ASH-Ski2, les ribonucléases aRNase J et HII ainsi que des acétylases et méthylases d’ARN. L’interactome de Csl4 suggère une association entre le ribosome et l’Exosome archéen, qui pourrait provenir d’un système de contrôle qualité des ARNm encore inconnu. Nous avons également découvert de nombreuses protéines impliquées dans la réparation des cassures double brin de l’ADN dans l’interactome de l’Exosome, suggérant qu’il pourrait jouer un rôle dans la maintenance du génome. Enfin, nous avons découvert un nouveau partenaire direct de l’Exosome, aIF2Balpha qui interagit par l’intermédiaire de Csl4-DnaG. Le rôle physiologique de ce facteur est encore inconnu, mais sa proximité avec de nombreuses protéines du métabolisme suggère qu’il pourrait lier l’activité de l’Exosome à la situation énergétique cellulaire. Bien que de nombreuses questions demeurent, en particulier l’implication de l’Exosome dans la réparation de l’ADN, la stœchiométrie de la coiffe et le choix des substrats, ces travaux apportent de nouveaux éléments sur le rôle cellulaire de ce complexe de dégradation des ARN. |
The physiological role and Exosome-mediated RNA degradation pathways in Archaea remain to be fully elucidated, particularly in hyperthermophilic archaea, where the complex must process RNAs that are stabilized against high temperatures. To better characterize the cellular processes involving the Exosome and the role of its cap proteins, we investigated the structure, activity, and interaction network of the Thermococcales Exosome. Rrp4 appears to function in recruiting RNA substrates, whereas Csl4 acts as an interaction platform for numerous partners. The exosome’s protein interaction network suggests cooperation with other RNA metabolism proteins, such as the ASH-Ski2 helicase, the ribonucleases aRNase J and HII, and various RNA acetylases and methylases. The Csl4 interactome points to an association between the ribosome and the archaeal exosome, potentially stemming from a previously unknown mRNA quality control system. We also identified numerous proteins involved in DNA double-strand break repair within the Exosome interactome, suggesting a possible role in genome maintenance. Finally, we discovered a new direct exosome partner, aIF2Balpha, which interacts via Csl4-DnaG. While the physiological role of this factor remains unknown, its proximity to various metabolic proteins suggests it may link Exosome activity to the cell's energy status. Although many questions remain—particularly regarding the involvement of the Exosome in DNA repair, the stoichiometry of the cap, and substrate selection—this work sheds new light on the cellular role of this RNA degradation complex. |