L'analyse du transcriptome représente un outil puissant pour identifier les mécanismes moléculaires et les voies de régulation associées à des phénotypes complexes. L'expression génique dans le sang total est un bon proxy pour mettre en évidence les modifications transcriptionnelles associées à la réponse d'un organisme face aux variations environnementales.
Les porcs, comme les autres espèces d'élevage, sont de plus en plus exposés au stress thermique lié au changement climatique. Leur réponse face à ce stress dépend à la fois de conditions environnementales et de facteurs génétiques. J'ai caractérisé les variations d'expression génique induites par un stress chronique et aigu chez le porc. Des analyses eQTL ont permis de mettre en évidence des voies de régulation et des gènes susceptibles de moduler des caractères complexes liés à la production et à la thermorégulation chez le porc. Dans la seconde partie de cette thèse, des annotations géniques ont été générées pour un nouvel assemblage porcin Télomère-à-Télomère, révélant de nouveaux gènes dans plusieurs tissus. Ce nouveau génome et son annotation pourront permettre d'améliorer les futures études transcriptomiques porcines.
Ces résultats mettent en évidence l'importance des études transcriptomiques dans la compréhension des caractères biologiques complexes, tels que la réponse au stress thermique chez les espèces d'intérêt agronomique. |
Transcriptomic profiling provides a powerful framework for decyphering the molecular basis of complex phenotypes. Whole-blood gene expression provides a robust proxy for capturing an transcriptional changes underlying an organism's response to environmental variation.
Pigs, along with all other livestock species, are increasingly subjected to heat stress due to climate change. The pig response to heat stress is shaped by both environmental conditions and genetic factors. Here, I identified how gene expression varies in response to chronic and acute heat stress in pigs. The underlying genetic architecture of whole blood gene expression was investigated through eQTL studies, leading to the identification of pathways and genes that may drive complex thermoregulation and production traits. In the second part of this Thesis, gene annotations were generated for a new pig Telomere to Telomere assembly, leading to the identification of novel genes in several tissues. The new genome assembly and its annotations could serve to improve future pig genomic studies.
All together, the results highlight the contributions of transcriptomic studies in the understanding of complex biological traits such as heat-stress response in livestock. |