Les omiques sont des technologies à haut débit conçues pour étudier des classes entières de biomolécules dans un échantillon (par exemple, en génomique, le génome entier). Elles se sont développées dans tous les domaines de la biologie moléculaire au début du XXIème siècle, et ont suscité de nombreux débats parmi les biologistes et les philosophes des sciences. En philosophie des sciences, les projets à grande échelle impliquant les omiques font l'objet de nombreuses recherches. En revanche, l'intégration des omiques dans l'organisation typique des laboratoires de biologie moléculaire, les « small labs » de Karin Knorr Cetina, est moins étudiée. L'objectif général de cette thèse est d'étudier les rôles épistémiques des omiques dans les « small labs ». Le premier objectif de ma thèse est d'évaluer comment les approches omiques sont perçues par les biologistes. Pour cela, j'ai d'abord analysé un corpus d'articles d'opinion écrits par des biologistes. Cette analyse a montré une association claire entre la biologie traditionnelle et le raisonnement guidé par des hypothèses (« hypothesis-driven »), d'une part, et les approches omiques et le raisonnement guidé par les données («data-driven »), d'autre part. Cependant, cette analyse d'articles d'opinion a ses limites et ne donne pas un aperçu représentatif des opinions de la communauté scientifique sur les approches omiques. Pour compléter cette étude, j'ai donc réalisé des entretiens semi-structurés afin de recueillir les perceptions de chercheurs sur le développement des approches omiques. Les participants pensent généralement que le développement des approches omiques a provoqué des bouleversements en biologie moléculaire, tant dans les pratiques que dans le raisonnement scientifique. Pour y faire face, ils ont principalement recours à deux stratégies. La première consiste à encourager les vertus épistémiques et la seconde à comprendre le rôle épistémique des données omiques pour les intégrer dans leur méthode scientifique habituelle. Dans ce travail, je me concentre sur cette seconde stratégie. L'une de ses caractéristiques principales est qu'elle implique une hybridation entre les omiques et la biologie moléculaire traditionnelle. Cette hybridation, que j'appelle l'approche "gène candidat" omique (en anglais, « Omic Candidate Approach », abrégée OCA), a déjà été conceptualisée par les philosophes des sciences. En utilisant comme étude de cas le projet de recherche en biologie auquel j'ai participé dans un laboratoire de biologie moléculaire, je montre que l'hybridation entre les omiques et la biologie moléculaire traditionnelle peut prendre d'autres formes que l'OCA. Cela montre que les données omiques peuvent être utilisées de manières diverses, ce que j'aborde également dans ce travail. Je propose ensuite un cadre conceptuel pour décrire l'expérimentation dans les laboratoires de biologie moléculaire et la manière dont les expériences sont articulées pour parvenir à l'élaboration d'explications mécanistiques. Je montre que les expériences impliquant des omiques peuvent également rentrer dans ce cadre, et donc que, dans les laboratoires de biologie moléculaire, les omiques sont utilisées comme un élément parmi d'autres dans la construction d'explications mécanistiques. Dans l'ensemble, en plus de mettre en lumière les rôles épistémiques des omiques dans les « small labs » de biologie moléculaire, ce travail propose donc également une alternative aux conceptualisations des omiques axées sur leurs différences avec la biologie moléculaire traditionnelle. |
Omics are high-throughput technologies designed to study entire classes of biomolecules in a sample (for example, the whole genome in genomics). They developed in all fields of molecular biology at the turn of the century, giving rise to extensive debate among both biologists and philosophers of science. In philosophy of science, large-scale projects involving omics are extensively discussed, but less is said about how omics are embedded in the typical organization of molecular biology laboratories, Karin Knorr Cetina's "small labs". The general aim of this thesis is to study the epistemic roles of omics in small labs. The first objective of my thesis is to assess how omics approaches are perceived by biologists. To this end, a first approach was to analyze a corpus of opinion articles written by biologists. This analysis revealed a clear association between traditional biology and hypothesis-driven reasoning, on the one hand, and omics and data-driven reasoning, on the other. However, this analysis of opinion articles has limitations and does not provide a representative overview of the scientific community's views on omics approaches. To complement this analysis, I therefore conducted semi-structured interviews to gather the perceptions of researchers on the development of omics approaches. Participants generally think that the development of omics has triggered disruptions in molecular biology, both in the practices and in the scientific reasoning. To face these, they make use of two main strategies. The first one is to foster epistemic virtues, and the second one is to make sense of the epistemic role of omics to fit them into their usual scientific method. In the rest of the work, I focus on this second strategy. One of its salient features is that it involves hybridization between omics and traditional molecular biology. This hybridization, that I call the Omic Candidate Approach (OCA), has already been conceptualized by philosophers of science. Using as a case study the biology research project that I carried out in a molecular biology small lab, I show that hybridization between omics and traditional molecular biology can take yet other forms than the OCA. This highlights that omics can be used in various ways, which I also address in this work. I then propose a conceptual framework to describe experimentation in molecular biology small labs, and the way experiments are articulated to support the elaboration of mechanistic explanations. I show that experimentation involving omics also fits this framework, and thus, that in molecular biology small labs, omics are used as one building block among others in the construction of mechanistic explanations. All in all, in addition to shedding light on the epistemic roles of omics in small labs, this work also proposes an alternative to conceptualizations of omics focusing on their differences with traditional molecular biology. |