Soutenance de thèse de Maysá YUSEF BUEY

Modélisation de molécules interstellaires complexes : développements et simulations


Titre anglais : Modelling Interstellar Complex Molecules: Developments and Simulations
Ecole Doctorale : SDM - SCIENCES DE LA MATIERE - Toulouse
Spécialité : Physico-Chimie Théorique
Etablissement : Université de Toulouse
Unité de recherche : UMR 5626 - LCPQ - Laboratoire de Chimie et Physique Quantiques
Direction de thèse : Mathias RAPACIOLI- Tzonka MINEVA


Cette soutenance a eu lieu vendredi 10 novembre 2023 à 14h00
Adresse de la soutenance : Laboratoire de Chimie et Physique Quantiques - UMR5626 Université Paul Sabatier - Bat. 3R1b4 - 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex 09, France - salle Salle de conférence du batîment 3R4

devant le jury composé de :
Mathias RAPACIOLI   Chargé de recherche   CNRS Toulouse - LCPQ   Directeur de thèse
Sergio DíAZ TENDERO   Associate Professor   Universidad Autónoma de Madrid   Rapporteur
Giacomo MULAS   Astronome   Istituto Nazionale di Astrofisica   Rapporteur
Carine  CLAVAGUERA   Directrice de recherche   CNRS - Institut de Chimie Physique   Examinateur
Tzonka MINEVA   Directrice de recherche   CNRS Montpellier - ICGM   CoDirecteur de thèse
Phuong Mai DINH   Professeure des universités   Université Toulouse III - Paul Sabatier   Président


Résumé de la thèse en français :  

La formation et l’évolution des molécules complexes dans le milieu interstellaire est un sujet de recherche important pour mieux comprendre l’évolution physicochimiques dans ces environnements et, en particulier, les conditions d'apparition de la vie sur Terre. La glycine (NH2CH2COOH) est l'un des acides aminés les plus simples qui a été détecté dans la queue de deux comètes. D’autre part, les PAHs (hydrocarbures aromatiques polycycliques) sont des molécules omniprésentes dans le milieu interstellaire.
Comprendre leurs évolutions sous l'effet de collisions avec des particules du rayonnement cosmique ou de vents stellaires est donc d'un grand intérêt. Ces molécules peuvent être étudiées isolées ou piégées dans les glaces interstellaires.
Nous avons développé un schéma hybride de Mécanique Quantique (MQ) / Mécanique Moléculaire (MM) afin de traiter le grand nombre d'atomes et d'électrons impliqués. En outre, un schéma explicite de dynamique électronique, Real Time – Time Dependent – DFTB (RT-TD-DFTB), est développé pour simuler le dépôt d’énergie et la dynamique ultra-rapide de ces molécules soumis à l'irradiation des rayons cosmiques ou du vent stellaire. Les premières simulations de collisions d’ions avec la Glycine et des PAH sont présentées.

 
Résumé de la thèse en anglais:  

Formation, distribution and behaviour of Complex Organic Molecules (COM’s) in space is an important subject of research to the better understanding of the initial condition for the appearance of life on Earth. Furthermore, the study of high energy chemical processes in the interstellar medium (cosmic radiation’s effect) and in solar system (solar wind’s effect), is been of high interest.
The aim of this work is to study astrophysical molecules trapped in interstellar ice systems under the effect of high energy radiation. These ices are characterised by being large systems, with large number of atoms.
QM/MM hybrid method has become a very popular tool for molecular systems’ simulations with a large number of atoms, appearing as a good compromise between accuracy and computational costs. We report the implementation of QM/MM hybrid method in the deMonNano software, using the Density Functional based Tight Binding (DFTB), an approximated DFT scheme, combined with Molecular Mechanic (MM) approach, namely Force Fields (FF) of class 1, such as OPLS-AA and AMBER-families of FFs. A complete implementation was performed using the QM/MM additive coupling scheme.
In addition, the investigation of high energy chemical processes requires the explicit simulation of the electronic dynamics beyond the Born Oppenheimer approximation.
As first step towards such dynamics, we will report the implementation of Real Time TD-DFTB in deMonNano, consisting in solving the Time-Dependent Schrödinger equation within the DFTB, where the electronic density matrix is propagated along time.
We report a detailed introduction to new DFTB/MM and RT-TD-DFTB implementations as well as the complete study on glycine prebiotic molecule trapped in an interstellar ice. PAH interstellar systems will be also a matter of study.

Mots clés en français :Dynamic electronique, Astrochimie, Liaisons-fortes, Dynamique moléculaire, Glycine,
Mots clés en anglais :   Electron Dynamics, Astrochemistry, Tight-binding, Molecular dynamics, Glycine,