Soutenance de thèse de RIM ABDERRAHIM

Etude des réseaux de signalisation des récepteurs lectines de type C activateurs exprimées par les cellules myéloïdes


Titre anglais : Quantitative (phospho)proteomics to decipher the signaling pathways of activating C-type lectin receptors in myeloid cells
Ecole Doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies
Spécialité : Biologie structurale et fonctionnelle
Etablissement : Université de Toulouse
Unité de recherche : UMR 5089 - IPBS - Institut de Pharmacologie et Biologie Structurale
Direction de thèse : Yoann ROMBOUTS- Anne GONZALEZ DE PEREDO


Cette soutenance a eu lieu jeudi 25 avril 2024 à 14h00
Adresse de la soutenance : IPBS - salle Amphi Gallais-LCC

devant le jury composé de :
Yoann ROMBOUTS   Chargé de recherche   CNRS Occitanie Ouest   Directeur de thèse
Anne GONZALEZ DE PEREDO   Chargée de recherche   CNRS Occitanie Ouest   CoDirecteur de thèse
Roland LANG   Professeur   Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg   Rapporteur
Franck VANDERMOERE   Directeur de recherche   CNRS Occitanie Est   Rapporteur
Delphine PFLIEGER   Directrice de recherche   CNRS Alpes   Rapporteur
Laurent MAVEYRAUD   Professeur des universités   Université Toulouse III - Paul Sabatier   Président


Résumé de la thèse en français :  

Les récepteurs lectines de type C (CLR) sont principalement exprimés par les cellules immunitaires innées et sont impliqués dans un large éventail de pathologies telles que les infections (p. ex., la tuberculose), les maladies inflammatoires chroniques ou auto-immunes (p. ex., la maladie de Crohn, la polyarthrite rhumatoïde) et le cancer. La plupart des CLRs sont activateurs et déclenchent des cascades de signaux intracellulaires stimulant la production de médiateurs inflammatoires tels que les cytokines et les chimiokines. Néanmoins, par rapport à de nombreux autres récepteurs (p. ex., les récepteurs Toll-like), on sait relativement peu de choses sur les protéines impliquées dans les voies de signalisation des CLRs. Dans ce contexte, nous avons utilisé la spectrométrie de masse (MS) haute résolution pour analyser les événements de phosphorylation des protéines après la stimulation de Dectin-1, un CLR activateur modèle, dans les cellules dendritiques (DCs). Ainsi, nous avons généré le tout premier jeu de données résolu dans le temps des événements de signalisation déclenchés par un CLR dans une cellule immunitaire et identifié des centaines de nouveaux acteurs de signalisation. Parallèlement, nous avons développé une méthode permettant de quantifier par MS des milliers de protéines, dont des médiateurs inflammatoires, sécrétées par les DCs. Grâce à cette méthode et des outils d'édition du génome, nous étudions actuellement l'impact de la déplétion de certaines protéines de signalisation nouvellement identifiées sur la réponse immunitaire induite par Dectin-1 dans les DCs. A long terme, nous pensons que les protéines de signalisation identifiées par nos soins pourraient constituer de nouvelles cibles thérapeutiques pour lutter contre les nombreuses maladies impliquant les CLRs.

 
Résumé de la thèse en anglais:  

C-type lectin receptors (CLRs) are a family of pattern recognition receptors expressed mostly by myeloid cells and involved in a wide range of diseases, such as infection (e.g., tuberculosis, candidiasis), chronic inflammation (e.g., Crohn’s disease), autoimmune disorders (e.g., rheumatoid arthritis) and cancer. Most CLRs are activating receptors, meaning that their engagement triggers intracellular signaling cascades leading to the production by immune cells of inflammatory mediators (i.e., cytokines, chemokines, reactive oxygen/nitrogen species). Yet, compared to many other receptors (e.g. Toll-like receptors), relatively little is known about the signaling proteins activated upon CLR stimulation.To address this issue, we used high-resolution mass spectrometry (MS) technologies to analyze protein phosphorylation events consecutive to stimulation of Dectin-1, a prototypical activating CLR, in dendritic cells (DCs). In this way, we generated the first-ever comprehensive and time-resolved dataset of signaling events triggered by a CLR in immune cells and identified hundreds of proteins as novel players of the Dectin-1 pathway. In parallel, we set up a protocol to comprehensively monitor thousands of proteins secreted by DCs, including inflammatory mediators, via a one-shot MS measurement. Using this methodology together with advanced gene-editing tools, we are currently exploring the impact of the depletion of some candidate signaling proteins, as identified by phosphoproteomics, on the Dectin-1-triggered immune response in DCs. We anticipate that the novel signaling proteins identified by our study could be new drug targets to either enhance the immune response in the case of infections and cancer, or inhibit it in the case of autoimmune diseases and chronic inflammation.

Mots clés en français :Cellules dendritiques dérivées de moelle osseuse, lectines de type C, Phosphoprotéomique, signalisation, spectrométrie de masse, immunité inée,
Mots clés en anglais :   bone marrow-derived dendritic cells, C-type lectins, Phosphoproteomics, signaling pathways, mass spectrometry, innate immunity,