Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont parmi les acteurs majeurs de la fertilité des sols. De nombreuses études ont analysé la biodiversité des espèces de CMA dans les sols mais peu de choses sont connues concernant l’incidence des variations génétiques chez les CMA sur leur efficacité à favoriser la croissance des plantes. L’objectif de la thèse est de mesurer l’effet de pratiques agronomiques sur la diversité et l’efficacité symbiotique des CMA associés au blé. Des blés cultivés sur des parcelles sous des conduites agricoles contrastées (labour ou semis direct, différents niveau/type de fertilisation…) seront prélevés. La diversité génétique des champignons et bactéries associés aux racines sera analysée par metabarcoding. Des isolements de champignons mycorhiziens à arbuscules et de bactéries seront réalisés. Un génotypage plus résolutif des souches fongiques permettra d’estimer leur variabilité intraspécifique. L’efficacité symbiotique de microbiotes synthétiques constitués à partir des souches isolées, sera estimée par inoculation de blés cultivés en conditions contrôlées et semi-contrôlées, en mesurant des traits physiologiques chez les plantes. Ce projet permettra de déterminer les pratiques agricoles favorisant la sélection de microbiotes assurant une activité symbiotique plus efficace. L’objectif à longue échéance est de caractériser des souches de CMA et de bactéries efficaces sur blé pouvant être utilisées pour inoculer des sols afin de favoriser leur fertilité. |
Mycorrhizal arbuscular fungi (AMF) are among the major players in soil fertility. Many studies have analyzed the biodiversity of AMF species in soils, but little is known about the impact of genetic variation in AMF on their effectiveness in promoting plant growth. The objective of the thesis is to measure the effect of agronomic practices on the diversity and symbiotic efficiency of wheat-associated AMFs. Wheat cultivated on plots under contrasting agricultural pipes (plowing or direct seeding, different level / type of fertilization ...) will be taken. The genetic diversity of fungi and bacteria associated with roots will be analyzed by metabarcoding. Isolations of arbuscular mycorrhizal fungi and bacteria will be made. More resolutive genotyping of fungal strains will allow estimation of their intraspecific variability. The symbiotic efficiency of synthetic microbiota made from isolated strains will be estimated by inoculation of wheat grown under controlled and semi-controlled conditions, by measuring physiological traits in plants. This project will identify agricultural practices favoring the selection of microbiota for more efficient symbiotic activity. The long-term goal is to characterize strains of AMF and wheat-efficient bacteria that can be used to inoculate soils to promote their fertility. |