Les virus influenza A, du fait de leur impact en santé animale, mais également en santé publique pouvant mener à l’émergence de graves pandémies, sont des virus actuellement sous haute surveillance. Face à leur grande variabilité génétique, mais également du fait des différents phénotypes qu’ils peuvent présenter chez l’homme et l’animal, il apparaît essentiel de mieux les connaître. Ces travaux de thèse ont été réalisés autours de deux axes complémentaires. Le premier s’est intéressé à mieux comprendre la circulation des VIA en Afrique subsaharienne, une région du monde où leur circulation semble s’être intensifiée depuis 2015. Une caractérisation moléculaire et antigénique des virus H5N1 et H9N2 détectés dans cette région, associée à des études de phylogénie, a pu ainsi être réalisée afin de mieux comprendre leur circulation et améliorer l’estimation du risque qu’ils représentent pour la santé publique. Le deuxième axe s’est, quant à lui, intéressé à la caractérisation biologique de marqueurs d’adaptation aux mammifères du complexe polymérase, en prenant comme modèle, le virus H5N8 de clade 2.3.4.4B. Ce dernier est un virus zoonotique qui s’est fait remarquer par ses capacités évolutives étonnantes et sa propagation rapide sur plusieurs continents. Des caractéristiques qui légitiment l’attention qui doit être portée à ce virus, afin de surveiller son évolution vers des génotypes plus problématiques pour la santé publique. Les résultats obtenus au cours de ces travaux de thèse tendent à confirmer une intensification récente de la circulation des VIA en Afrique subsaharienne. La co-circulation de divers sous-types, dont certains sont d’importance de santé publique, et l’absence de mesures de contrôle mises en place contre la propagation du virus H9N2, relève le niveau de risque d’émergence de nouveaux virus zoonotiques ou pandémiques en Afrique subsaharienne. Les résultats obtenus suite à la caractérisation biologique de marqueurs d’adaptation aux mammifères laissent supposer que l’association des mutations PB2 E627K et NP L136I pourrait améliorer les capacités réplicatives du virus H5N8 de clade 2.3.4.4B chez l’homme. L’ensemble de ces données permet ainsi de mieux caractériser les VIA qui circulent sur le terrain et ainsi estimer plus finement le risque zoonotique ou pandémique qu’ils représentent. |
Influenza A viruses, because of their impact on animal health, but also on public health, can lead to the emergence of serious pandemics and are currently under close surveillance. The PhD project was divided in two complementary parts. The first one was to understand better AIVs circulation in Sub-Saharan Africa, a world region where their circulation seems to have intensified since 2015. Molecular and antigenic characterizations of the H5N1 and H9N2 viruses detected in this region, associated with phylogeny studies, were performed in order to understand their circulation and improve the estimation of the risk they represent for public health. The second part consisted in the biological characterization of mammalian adaptation markers of the polymerase complex, using the clade 2.3.4.4B H5N8 virus as model. This virus is a zoonotic virus that has stood out for its amazing evolutionary capacities and its rapid spread over several continents. These characteristics justify the attention that must be paid to this virus, in order to monitor its evolution towards more problematic variants in terms of public health. The results obtained during this PhD work tend to confirm a recent intensification of the circulation of IAVs in sub-Saharan Africa. The co-circulation of various subtypes, some of which are of public health importance, and the absence of control measures put in place against the spread of the H9N2 virus increases the level of risk of emergence of new zoonotic or pandemic viruses in Sub-Saharan Africa. The results obtained following the biological characterization of mammalian adaptation markers suggest that the association of the PB2 E627K and NP L136I mutations could improve the clade 2.3.4.4B H5N8 virus fitness in humans. These data enable to better characterize the IAVs circulating in the field and thus to estimate more precisely the zoonotic or pandemic risk they represent. |