L’essor récent de la métagénomique a permis des avancées scientifiques majeures dans le domaine de la santé humaine en étudiant le rôle du microbiote intestinal dans des maladies aussi diverses que l’obésité, le diabète, le cancer ou les maladies cardio-vasculaires.

Au sein de l’unité INRAE MetaGenoPolis (www.mgps.eu), l’équipe InfoBioStat (IBS) développe une expertise pointue dans la découverte, la caractérisation et la compréhension du microbiote intestinal et de ses associations à des pathologies.

Le projet européen GEMMA (Genome, Environment, Microbiome, and Metabolome in Autism) est un programme de recherche qui vise à comprendre les mécanismes sous-jacents à l’apparition de l’autisme. Son objectif principal est d’identifier les interactions entre la génétique, l’environnement, le microbiome et le métabolome pour comprendre comment ces facteurs contribuent au développement des troubles du spectre autistique (TSA). L’un des aspects clés du projet est d’étudier le rôle du microbiome intestinal et oral et du métabolome dans le développement de l’autisme.

GEMMA a recruté au sein de familles à risque (ayant déjà un enfant autiste) des nouveaux nés qui sont suivis durant trois ans pour détecter les premiers signes de développement des TSA, avec des prélèvements réguliers de selle et de salive. Les parents et les grands frères et soeurs autistes sont également étudiés. L’objectif est d’identifier des biomarqueurs potentiels, afin de développer des outils de diagnostic précoce et des stratégies de prévention pour les TSA. Les résultats pourraient aider à comprendre comment les changements dans le microbiome intestinal pourraient être liés aux symptômes de l’autisme, ouvrant ainsi la voie à des interventions thérapeutiques ciblées.

Notre méthodologie d’identification et de quantification des espèces microbiennes est performante et éprouvée mais dépendante d’un catalogue de gène de référence représentatif. Nous recherchons actuellement un·e bioinformaticien·ne pour rejoindre IBS et participer à la construction d’un catalogue de référence de gènes marqueurs de toutes les espèces du microbiome humain. Ce catalogue, très utile à ce projet qui mêle échantillons de selle et de salive d’adultes, jeunes enfants et bébés, est destiné à devenir la référence pour tous les projets de métagénomique humaine.

Description du poste

Les missions

Mener le projet d’analyse de données métagénomiques :
Formaliser, avec les partenaires du projet, les questions scientifiques et la manière d’y répondre
Développer et adapter des méthodes bioinformatiques d’analyse génomique et métagénomiques
Proposer des visualisations graphiques, tester et élaborer de nouvelles hypothèses
Assurer l’organisation des données et le suivi de leur exploitation jusqu’à leur visualisation via une forge logicielle en utilisant un outil de versionning
Assurer une veille scientifique et technologique sur l’évolution des concepts et des méthodes en métagénomique
Valoriser les résultats obtenus sous forme de publications, posters, communications dans des congrès ou brevets
Travailler en conformité avec le système de management de la qualité en place (ISO9001 / ISO27001) : rédaction des rapports et de la documentation

Expérience en analyses de données omiques ;
Maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation (Ruby, Python, C/C++, Delphi, R)
Maîtrise du langage R et des packages de manipulation et visualisation de données (tidyverse)
Bonnes connaissances en base de données
Connaissances générales en biologie, en écologie microbienne et des problématiques liées aux données métagénomiques ;
Bon niveau d’anglais scientifique (lu, parlé, écrit).
Formation

De Bac + 5 à Bac + 8 (Master/Ingénieur/Doctorat) en bioinformatique, biostatistiques ou en biologie (orientée omiques)
Informations pratiques

Type de poste : CDD IE / IR / postdoc selon diplômes et expérience
Durée du poste : 12 mois renouvelable
Ville : 78350, Jouy-en-Josas
Laboratoire : INRAE – MetaGenoPolis (MGP)
Adresse : Bâtiment 325 – Domaine de Vilvert – 78350 JOUY-EN-JOSAS (https://www.google.fr/maps/place/MetaGenoPolis/)
Date limite de candidature : 15/10/2024
Nom des contacts : Emmanuelle Le Chatelier, Florian Plaza-Oñate, Magali Berland
Email des contacts : emmanuelle.lechatelier@inrae.fr ; florian.plaza-onate@inrae.fr ; magali.berland@inrae.fr ;
Date de début souhaité : 01/11/2024
Salaire : grille INRAE, selon diplômes et expérience