L’essor récent de la métagénomique a permis des avancées scientifiques majeures dans le domaine de la santé humaine en étudiant le rôle du microbiote intestinal dans des maladies aussi diverses que l’obésité, le diabète, le cancer ou les maladies cardio-vasculaires.
Au sein de l’unité INRAE MetaGenoPolis (www.mgps.eu), l’équipe InfoBioStat (IBS) développe une expertise pointue dans la découverte, la caractérisation et la compréhension du microbiote intestinal et de ses associations à des pathologies.
Le projet européen GEMMA (Genome, Environment, Microbiome, and Metabolome in Autism) est un programme de recherche qui vise à comprendre les mécanismes sous-jacents à l’apparition de l’autisme. Son objectif principal est d’identifier les interactions entre la génétique, l’environnement, le microbiome et le métabolome pour comprendre comment ces facteurs contribuent au développement des troubles du spectre autistique (TSA). L’un des aspects clés du projet est d’étudier le rôle du microbiome intestinal et oral et du métabolome dans le développement de l’autisme.
GEMMA a recruté au sein de familles à risque (ayant déjà un enfant autiste) des nouveaux nés qui sont suivis durant trois ans pour détecter les premiers signes de développement des TSA, avec des prélèvements réguliers de selle et de salive. Les parents et les grands frères et soeurs autistes sont également étudiés. L’objectif est d’identifier des biomarqueurs potentiels, afin de développer des outils de diagnostic précoce et des stratégies de prévention pour les TSA. Les résultats pourraient aider à comprendre comment les changements dans le microbiome intestinal pourraient être liés aux symptômes de l’autisme, ouvrant ainsi la voie à des interventions thérapeutiques ciblées.
Nous recherchons actuellement un·e bioanalyste / biostatisticien·ne pour rejoindre IBS et analyser les données du microbiote intestinal et oral des bébés ayant développé ou pas des troubles autistiques ainsi que de leur famille, afin de répondre aux questions scientifiques de ce projet. Ce projet se fera en interaction avec le consortium de ce projet, qui regroupe autour de lui 16 partenaires, académiques ou industriels de divers pays.
Comprendre le contexte biologique et médical, la manière dont sont générés les données et les enjeux biomédicaux associés
Mener le projet d’analyse de données métagénomiques :
Formaliser, avec les partenaires du projet, les questions scientifiques et la manière d’y répondre
Utiliser des méthodes statistiques d’analyse métagénomiques, d’intégration de données et de machine learning
Proposer des visualisations graphiques, tester et élaborer de nouvelles hypothèses
Assurer l’organisation des données et le suivi de leur exploitation jusqu’à leur visualisation via une forge logicielle en utilisant un outil de versionning
Assurer une veille scientifique et technologique sur l’évolution des concepts et des méthodes en métagénomique
Valoriser les résultats obtenus sous forme de publications, posters, communications dans des congrès ou brevets
Travailler en conformité avec le système de management de la qualité en place (ISO9001 / ISO27001) : rédaction des rapports et de la documentation