UMR 7156 CNRS, Université de Strasbourg, France (https://aime.unistra.fr)
Poste à pouvoir au plus tard en janvier 2025 pour une durée de 12 mois, financé par CEFIPRA
(https://www.cefipra.org/). Projet : Bioconversion méthylotrophe de gaz à effet de serre et de
composés carbonés volatils au niveau de la phyllosphère de cultures céréalières : pour une
amélioration de la productivité agricole et une atténuation du changement climatique.
Contexte scientifique : L’objectif du projet est d’améliorer la connaissance des interactions
microbiomes/plantes au niveau de la phyllosphère, la partie aérienne des plantes. Les plantes
produisent des composés organiques volatiles (COVs) à 1 atome de carbone que les bactéries
méthylotrophes utilisent comme source de C et d’énergie pour leur croissance. Le projet explore les
communautés microbiennes chez 2 céréales majeures (maïs et blé, variants résistant et sensible à la
sècheresse) cultivées dans des conditions de stress contrôlées avec des approches « omiques » et
culturales. Les attendus du projet visent à mieux appréhender la pertinence de l’utilisation du
métabolisme méthylotrophe associée à la phyllosphère pour le développement de nouvelles stratégies
d’amélioration en agriculture tout en réduisant les effets sur le changement climatique.
Missions : La personne recrutée sera en charge de l’analyse bioinformatique des données de
« metabarcoding » (séquençage Illumina PE d’amplicons de gènes de l’ARNr 16S) de communautés
méthylotrophes de la phyllosphère soumises à des conditions contrôlées d’échantillonnage et de
culture de la plante hôte (stade de croissance, stress hydrique, CO2, température). Une mission
complémentaire inclue l’analyse de longues lectures de haute-qualité de génome d’isolats de
méthylotrophes potentiellement capables de promouvoir la croissance de céréales cultivées en
condition de stress minant en partie ceux rencontrés dans le contexte du changement climatique

Solides connaissances théoriques et pratiques en analyse bioinformatique de données « omiques »
de communautés microbiennes ;
- Maitrise de l’analyse de données « omiques » avec des approches statistiques à variables multiples,
de l’outil R, et du design et implémentation de scripts et de workflows ;
- Aptitude à travailler en équipe et en anglais (au minimum niveau B2) ;
- Autonomie (organisation du travail, présentation des résultats, rédaction de publications) ;
- Connaissances du métabolisme et des communautés microbiennes associées aux plantes.
Informations générales : Nous offrons un salaire et des avantages sociaux conformément à la
réglementation du secteur public français. La recherche à l’Université de Strasbourg couvre tous les
domaines scientifiques et encourage les collaborations interdisciplinaires et internationales. Située au
cœur de l’Europe dans une région trinationale à l’activité économique dynamique, Strasbourg est une
ville pionnière en matière de protection de l’environnement et un lieu de vie très agréable.

Envoyer un courriel à Françoise BRINGEL (francoise.bringel@unistra.fr),
directrice de recherche au CNRS dans le groupe AIME, avec un document unique de 4 pages maximum
en format PDF comprenant notamment une lettre de motivation concise, un CV détaillé (emplois
précédents, liste de publications), et les coordonnées de contact d’au moins deux personnes de
référence (lettres de recommandation optionnelles)