M. Romain VOLMER
HDR

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Coordonnées :
UMR 1225 - IHAP
TOULOUSE FRANCE

romain.volmer@envt.fr
05 61 19 32 33

UMR 1225 - IHAP - Laboratoire Interactions Hôtes-Agents Pathogènes
Equipe : VIRéMIE - Virus respiratoires : émergences, interactions et évolution

Spécialité : Immunologie

Thématiques de recherche : Les thématiques actuelles au sein de l’équipe viroses respiratoires portent sur la pathogénie des maladies virales emergentes, les relations entre l'hôte et le virus et la sensibilité de l'hôte à l'infection virale. Les principales maladies étudiées sont les viroses respiratoires des ruminants (notamment l'infection par le VRSB) et des volailles et la fièvre catharrale ovine , ou Bluetongue.


1- Viroses respiratoires
Les viroses respiratoires ont un impact sanitaire et économique majeur dans les élevages. Elles résultant d'infections par plusieurs agents pathogènes sur des animaux sensibilisés par des facteurs prédisposants (environnement, alimentation, con,duite d'élevage). Peu de données sont actuellement disponibles sur la nature des agents et le rôle des co-infections. L'objectif de cette thématique est, dans un premier temps et par des approches de séquençage de masse, de préciser la nature des agents infectieux impliqués, identifier de nouveaux virus respiratoires et évaluer l'impact des co-infections. Par ailleurs l'évolution des virus pathogènes majeurs sera étudié par rapport aux principales pression de sélection. Plus précisémentune des thématiques en cours de développement est la variabilité génétique du virus respiratoire syncytial (VRS) et de ses conséquences pour la compréhension de la biologie et l’évolution des pneumovirus. Nous proposons de démontrer l’existence de génomes minoritaires au sein des populations du VRS, d’analyser les facteurs qui conditionnent leur apparition et leur persistance dans le spectre de mutants, et enfin, d’étudier leur influence sur la biologie et la capacité d’adaptation de ce virus (échappement à la réponse immunitaire, franchissement de la barrière d'espèce).

2- Interaction hôtes- virus de la Fièvre catharrale maligne du mouton
La fièvre catarrhale ou Blue Tongue est une maladie réputée contagieuse, inscrite sur la liste A de l’OIE. Cette maladie des ruminants est une arbovirose due à un orbivirus de la famille des Reoviridae, qui a émergé en Europe du sud au début des années 2000. Depuis, de sévères épizooties sont apparues en Europe avec un impact majeur sur l'élevage qui n'avait plus était vu depuis les épizooties de fièvre aphteuse il y a 30 ans. elle fait peser une lourde menace sur les élevages européens. Chez le mouton, le BTV entraîne une pathologie majeure qui peut provoquer la mort de l’animal dans les 8-10 jours. Il existe des différences de susceptibilité à la maladie entre les races de mouton, certaines races n’exprimant pas de signes cliniques. Les bovins et les caprins représenteraient des espèces réservoirs dans la mesure où ils ne présentent pas de signes cliniques et où la virémie dans ces espèces semble relativement longue. Notre travail vise:
- à comparer la pathogénie virale chez les différentes catégories d'animaux sensibles ou non à la maladie, à définir les bases moléculaires de la sensibilité à l'infection virale. Cela est réalisé par des études in vitro d'interactions entre le virus et les cellules cible de l'infection (cellules du sang, cellules dendritiques et cellules endothéliales) et par l'étude in vivo de la résistance à la maladie lors d'infections expérimentales (étude comparative de l’activation des effecteurs de la réponse innée des cellules cibles sélectionnées).
Par ailleurs une thématique est aussi développé qui vise à proposer des vaccins de nouvelle génération contre la bluetongue, en utilisant des poxvirus vecteurs capables d'exprimer les principaux antigènes du virus BTV

Encadrement :

• 3 thèses en cours (1 personne ne souhaite pas figurer sur internet)
• 4 thèses soutenues / soutenances à venir

Aldair MARTINEZ PINEDA -
Savoir faire :
Programmation en C, python, R, Perl, SQL, bash.

utilisation de tous types de logiciels destinés à l'analyse de séquences génomiques et de données de séquençage.

analyse statistique à l'aide de R et python ainsi que création de graphiques et d'interfaces

Mobilité géographique : Tous les pays

Spécialité : Infectiologie, Physiopathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition

Sujet de thèse : Impact de l'environnement nucléotidique sur l'évolution de l'hémagglutinine des virus influenza A

Mot-clés : Influenza A,environnement nucléotidique,Evolution,hémagglutinine,

Profil mis à jour le 20 septembre 2024          

Bertille POUGET -
Compétences :
Outils informatiques Windows et Mac (Excel, ImageJ,
Minitab, GanttProject, SnapGene, montage vidéo)

Savoir faire :
Culture cellulaire, RT, PCR, RT-qPCR, Transfection,
Génétique inverse, Infection, Titrage, Mutagénèse, Clonage
moléculaire, Western blot, Microscopie

Spécialité : Infectiologie, Physiopathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition

Sujet de thèse : Evolution génétique de l'hémagglutinine des virus influenza A

Mot-clés : virus,influenza,évolution,séquençage,mutations,

Profil mis à jour le 15 septembre 2024        

Juliette GROSS -
Compétences :
Logiciels de biologie (Snapgene, Geneious, GraphPad Prism)

Savoir faire :
Biologie cellulaire, biologie moléculaire, virologie, microbiologie
Travail en BSL-2 et BSL-3
Certification UPAL (travail avec animaux de laboratoire)

Spécialité : Infectiologie, Physiopathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition

Sujet de thèse : Virus influenza aviaires : facteurs modulant l’évolution vers les formes hautement pathogènes

Mot-clés : Évolution,Zoonose,Virus,Influenza,

Profil mis à jour le 10 mars 2025    

Gabriel DUPRE -
Spécialité : Infectiologie, Physiopathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition

Sujet de thèse : Virus influenza aviaires : analyse du risque d’évolution vers les formes hautement pathogènes

Mot-clés : influenza,évolution,virus,aviaire,

Profil mis à jour le 12 juin 2023    

Pierre BESSIERE -
Savoir faire :
Médecine vétérinaire. PCR. Culture cellulaire. Travail en L3. Culture d'explants. Culture d'oeufs embryonnés. Western Blot. FISH. Expérimentation animale (volailles, lagomorphes, rongeurs).

Spécialité : Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition

Sujet de thèse : Émergence des virus influenza aviaires hautement pathogènes : la triade hôte, virus et microbiote

Mot-clés : Influenza,Emergence,Aviaire,Microbiome,Interférence virale,

Profil mis à jour le 19 août 2021    

Maxime FUSADE-BOYER -
Spécialité : Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition

Sujet de thèse : Circulation des virus influenza aviaires en Afrique subsaharienne et franchissement de la barrière d'espèce.

Mot-clés : Virus influenza A,émergence,phylogénie,Afrique,santé publique,complexe polymérase,

Profil mis à jour le 11 novembre 2021