Antoine FAGES - Admis au titre de docteur


antoine.a.fages@gmail.com

Projet professionnel :
  • enseignant-chercheur, enseignant du supérieur
  • chercheur en milieu académique
  • chercheur en entreprise, R&D du secteur privé

Doctorat Anthropobiologie


Thèse soutenue le 12 novembre 2018 - Université de Toulouse

Ecole doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies

Sujet : L'histoire génomique de la domestication et de l'utilisation du cheval decryptée par l'ADN ancien.

Mots-clés de la thèse : génomique,ADN ancien,domestication,cheval,

Direction de thèse : Eric CRUBEZY

Co-direction de thèse : Ludovic ORLANDO

Cotutelle University of Copenhagen DANEMARK
Descriptif : Cette thèse est en co-tutele entre le laboratoire AMIS de Toulouse et le Centre for GeoGenetics, University of Copenhagen (Danemark).Le principal superviseur est l'Associate Professor Dr Ludovic Orlando (Centre for GeoGenetics) professeur invité de l'Université de Toulouse. Le Professor Eric Crubezy, directeur du laboratoire AMIS à Toulouse, co-supervisera les activités de recherche.

Unité de recherche : CAGT - Centre d'Anthropobiologie et de Génomique de Toulouse UMR 5288 - TOULOUSE
Intitulé de l'équipe : AGES - Archéologie, Génomique, évolution et sociétés

Ingénieur - titre d'Ingénieur diplômé de l'Ecole Polytechnique

obtenu en septembre 2014 - Ecole Polytechnique
Option : Sciences pour les défis de l'environnement

Production scientifique

- Charleen Gaunitz1,*, Antoine Fages1,2,*, Kristian Hanghøj1,2, Anders Albrechtsen3, Naveed Khan1,4, Mikkel Schubert1, Andaine Seguin-Orlando1,2,5 , Ivy J. Owens6,7, Sabine Felkel8, Olivier Bignon-Lau9, Peter de Barros Damgaard1, Alissa Mittnik10, Azadeh F. Mohaseb11,12, Hossein Davoudi12,13,14, Saleh Alquraishi15, Ahmed H. Alfarhan15, Khaled A. S. Al-Rasheid15, Eric Crubézy2, Norbert Benecke16, Sandra Olsen17, Dorcas Brown18, David Anthony18, Ken Massy19, Vladimir Pitulko20, Aleksei Kasparov20, Gottfried Brem8, Michael Hofreiter21, Gulmira Mukhtarova22, Nurbol Baimukhanov23, Lembi Lõugas24, Vedat Onar25, Philipp W. Stockhammer10,19, Johannes Krause10, Bazartseren Boldgiv26, Sainbileg Undrakhbold26, Diimaajav Erdenebaatar27, Sébastien Lepetz11, Marjan Mashkour11,12,13, Arne Ludwig28 , Barbara Wallner8, Victor Merz29, Ilja Merz29, Viktor Zaibert30, Eske Willerslev1, Pablo Librado1, Alan K. Outram6,†, Ludovic Orlando1,2,† 2018. Ancient genomes revisit the ancestry of domestic and Przewalski’s horses   Science, 360(6384) Pages 111-114,
- Antoine Fages1,2,*, Kristian Hanghøj1,2,*, Charleen Gaunitz2*, Naveed Khan2,3*, Cristina Gamba2, Andaine Seguin-Orlando1,2, Michela Leonardi2,4, Christian McCrory Constantz2,5, Khaled A. S. Al-Rasheid6, Silvia Albizuri7, Ahmed H. Alfarhan6, Morten Allentoft2, Saleh Alquraishi6, David Anthony8, Nurbol Baimukhanov9, James H. Barrett10, Jamsranjav Bayarsaikhan11, Norbert Benecke12, Eloísa Bernáldez Sánchez13, Luis Berrocal-Rangel14, Fereidoun Biglari15, Sanne Boessenkool16, Bazartseren Boldgiv17, Gottfried Brem18, Dorcas Brown8, Joachim Burger19, Eric Crubézy1, Linas Daugnora20, Hossein Davoudi21,22, Peter de Barros Damgaard2, Sabine Deschler-Erb23, Cleia Detry24, Nadine Dill23, Maria do Mar Oom25, Anna Dohr26,27,28, Sturla Ellingvåg29, Diimaajav Erdenebaatar30, Homa Fathi21,31, Sabine Felkel18, Carlos Fernández-Rodríguez32, Esteban García-Viñas33, Mietje Germonpré34, José D. Granado23, Jón H. Hallsson35, Helmut Hemmer19, Michael Hofreiter36, Aleksei Kasparov37, Mutalib Khasanov38, Roya Khazaeli21,31, Pavel Kosintsev39, Kristian Kristiansen40, Tabaldiev Kubatbek41, Lukas Kuderna42 , Pavel Kuznetsov43, Haeedeh Laleh21,31, Jennifer A. Leonard44, Johanna Lhuillier45, Corina Liesau von Lettow-Vorbeck46, Andrey Logvin47, Lembi Lõugas48, Arne Ludwig49, Cristina Luis50,51,52, Ana Margarida Arruda25, Tomas Marques Bonet42,53,54, Raquel Matoso Silva52, Victor Merz55, Enkhbayar Mijiddorj30, Bryan K. Miller56, Oleg Mochalov43, Fatemeh A. Mohaseb21,31,57, Arturo Morales58, Ariadna Nieto Espinet59, Heidi Nistelberger16, Albína H Pálsdóttir16,35, Vladimir Pitulko37, Konstantin Pitskhelauri60, Mélanie Pruvost61, Petra Rajic Sikanjic62, Anita Rapan Papeša63, Natalia Roslyakova43, Alireza Sardari Zarchi64, Eberhard Sauer65, Renate Schafberg66, Amelie Scheu19, Jörg Schibler23, Angela Schlumbaum23, Nathalie Serrand57,67, Aitor Serres Armero42, Beth Shapiro68, Shiva Sheikhi Seno21,31,57, Irina Shevnina47, Sonia Shidrang69, John Southon70, Bastiaan Star16, Naomi Sykes71,72, Kamal Taheri73, William Taylor74, Wolf-Rüdiger Teegen26,27, Tajana Trbojević Vukičević75, Simon Trixl28, Dashzeveg Tumen76, Sainbileg Undrakhbold17, Emma Usmanova77, Ali Vahdati64, Silvia Valenzuela Lamas58, Onar Vedat78, Catarina Viegas24, Barbara Wallner18, Jaco Weinstock79, Victor Zaibert80, Benoit Clavel57, Sébastien Lepetz57, Marjan Mashkour21,31,57, Agnar Helgason81, Kári Stefánsson81, Eric Barrey82, Eske Willerslev2, Alan K. Outram72, Pablo Librado1,2, Ludovic Orlando1,2,+. 2018. Tracking five millennia of horse management with extensive ancient genome time-series   Nature, Ne s'applique pas.,
- Pablo Librado, Cristina Gamba, Charleen Gaunitz, Clio Der Sarkissian, Melanie Pruvost, Anders Albrechtsen, Antoine Fages, Naveed Khan, Mikkel Schubert, Vidhya Jagannathan, Aitor Serres-Armero, Lukas F. K. Kuderna, Inna S. Povolotskaya, Andaine Orlando, Sébastien Lepetz, Markus Neuditschko, Catherine Thèves, Saleh Alquraishi, Ahmed H. Alfarhan, Khaled Al-Rasheid, Stefan Rieder, Zainolla Samashev, Henri-Paul Francfort, Norbert Benecke, Michael Hofreiter, Arne Ludwig, Christine Keyser, Tomas Marques-Bonet, Bertrand Ludes, Eric Crubézy, Tosso Leeb, Eske Willerslev, Ludovic Orlando 2017. Ancient genomic changes associated with domestication of the horse   Science, 356, pp.442 - 445,
- Mikkel Schubert, Marjan Mashkour, Charleen Gaunitz, Antoine Fages, Andaine Seguin-Orlando, Shiva Sheikhi, Ahmed H. Alfarhan, Saleh A. Alquraishi, Khaled A.S. Al-Rasheid, Richard Chuang, Luca Ermini, Cristina Gamba, Jaco Weinstock, Onar Vedat, Ludovic Orlando 2017. Zonkey: A simple, accurate and sensitive pipeline to genetically identify equine F1-hybrids in archaeological assemblages   Journal of Archaeological Science, Volume 78, Pages 147-157,
- Diana I. Cruz‐Dávalos Bastien Llamas Charleen Gaunitz Antoine Fages Cristina Gamba Julien Soubrier Pablo Librado Andaine Seguin‐Orlando Mélanie Pruvost Ahmed H. Alfarhan Saleh A. Alquraishi Khaled A. S. Al‐Rasheid Amelie Scheu Norbert Beneke Arne Ludwig Alan Cooper Eske Willerslev Ludovic Orlando 2016. Experimental conditions improving in‐solution target enrichment for ancient DNA   Molecular Ecology Resources, Volume 17, issue 3 Pages 508-522,
- Pablo Librado,* Antoine Fages,*,† Charleen Gaunitz,* Michela Leonardi,* Stefanie Wagner,*,‡,§ Naveed Khan,*,** Kristian Hanghøj,*,† Saleh A. Alquraishi,†† Ahmed H. Alfarhan,†† Khaled A. Al-Rasheid,†† Clio Der Sarkissian,* Mikkel Schubert,* and Ludovic Orlando*,†,1 2016. The Evolutionary Origin and Genetic Makeup of Domestic Horses   Genetics, Vol. 204, Pages 423–434,

Langues Vivantes : Anglais C2 - Courant - Français C2 - Maternel - Italien A2 - Élémentaire - Danois A1 - Débutant
Dernière mise à jour le 17 septembre 2018